La formación de los jóvenes estuvo a cargo del Dr. P. Mario Paczóski perteneciente a la provincia de Varsovia. El 4 de octubre de 1979, durante los festejos en honor de Nuestro Padre S. Francisco de Asís, el ministro provincial de la provincia de S. Antonio de Padua, P. Albino Dudek, viajó a Smardzewice para presidir la ceremonia de la toma de hábito de sus novicios. En aquel día, Zbyszek Strzałkowski cambió su traje seglar por el hábito religioso.
Al finalizar el noviciado, emitió su profesión temporal y el día 18 de septiembre de 1980 inició los estudios eclesiásticos en el Seminario Mayor de los PP. Franciscanos de Cracovia. Durante el primer curso, asistían con él seminaristas carmelitas y capuchinos. Todos los años pasaba las vacaciones en su pueblo natal, donde no solamente se dedicaba a descansar, sino que también visitaba a los enfermos, conversaba mucho con los vecinos, con los granjeros de la zona y ayudaba a los sacerdotes en la parroquia. Dedicaba gran parte de su tiempo al cuidado del Sr. Broniec quien, al tener las dos piernas amputadas, debía guardar cama. Antes del viaje a Perú, Zbyszek le hizo una visita y le dejó, como recuerdo, un medallón de la Virgen de Czestochowa. Este regalo se encuentra en la casa del Sr. Juan Broniec hasta el día de hoy. Cuando el enfermo se enteró del martirio de Zbyszek, se puso a rezar ante aquel medallón, pidiendo por el eterno descanso del alma de su joven amigo.
Para los superiores, Zbyszek era un seminarista inteligente, trabajador, responsable y muy bueno. De cara al futuro, se esperaba mucho de él. Tanto los alumnos como los profesores notaron que, durante sus estudios, no tuvo dudas acerca de su vocación. Siempre estaba convencido de haber hecho una elección acertada. Se sentía muy feliz siguiendo a Cristo por los caminos de la vida franciscana. En las vacaciones viajaba a Zawada –su pueblo natal– y junto con sus compañeros de curso organizaba excursiones turísticas y peregrinaciones al santuario de la Virgen de Tuchów. De allí salían confortados y espiritualmente enriquecidos.
En 1981, los frailes Zbigniew Strzałkowski, Zbigniew Swierczek, Ricardo Sliwka, Cristóbal Kukułka y Zdzisław Kijas inauguraron el Movimiento Ecológico de San Francisco de Asís, poco después de que el papa Juan Pablo II hubiera proclamado a San Francisco Patrón de los ecologistas. Dicho movimiento organizaba expediciones ecológicas a los montes Tatra, a los alrededores de Poznan; preparaba exposiciones, como aquella que se titulaba “San Francisco, celestial Patrón de los ecólogos”. Zbyszek, propagaba la conveniente valoración de la dolomita y la sana alimentación; un día, decidió cocer pan ecológico para toda su comunidad religiosa.
Cada año presentaba una solicitud para la renovación de su profesión temporal, que siempre fue acogida positivamente. El 29 de septiembre de 1984 emitió los votos solemnes. Un poco más tarde, en una petición escrita acerca de su futuro destino pastoral, expresaba lo siguiente: “Cuando pedía ser admitido en la Orden, hablé de mi disponibilidad para trabajar en las misiones. Ahora, habiendo hecho mi profesión de votos solemnes, renuevo mi voluntad de ser misionero”